Τό 1842 στήν πόλη τῶν Ἀθηνῶν κατοικοῦσαν περίπου 20.000 ψυχές. Στό τέρμα τοῦ ρυμοτομικοῦ σχεδίου, στή Β.Δ. πλευρά καί πέραν τῆς ὁδοῦ Ἀκαδημίας κτίσθηκε ὁλόκληρος συνοικισμός μέ 60 περίπου μικρόσπιτα μέ αὐλές. Οἱ Ἀθηναῖοι τῆς ἐποχῆς ὀνομάσαν τό προάστιο Νεάπολη. Στό συνοικισμό αὐτόν εἶχαν συγκεντρωθεῖ οἰκογένειες κυρίως προσφύγων ἀλλά καί νησιωτῶν βιοπαλαιστῶν. Οἱ σημερινές ὁδοί Νικηταρᾶ, Μαυροκορδάτου, Κιάφας, Ζαλόγγου, Σουλίου, Γραβιᾶς, Λόντου, Κωλέττη, Τζαβέλλα, Μάνης, Μεσολογγίου εἶναι ὑπολείμματα τῶν ὁδῶν τοῦ Προαστίου τῆς Νεαπόλεως, τοῦ ὁποίου ὁ οἰκισμός ὑπῆρξε ἡ κοιτίδα τῶν περισσοτέρων ἀπό τούς ἐκλεκτούς τεχνίτες τῆς ἐποχῆς, ὅπως Τηνιακῶν μαρμαράδων, Ἀνδριωτῶν λατόμων, Καρπαθιωτῶν καί Σκοπελιτῶν κτιστάδων κ.ἄ.

Τό 1843 οἱ κάτοικοι τοῦ Προαστίου γιά νά καλύψουν τίς λατρευτικές τους ἀνάγκες ἀποφάσισαν νά οἰκοδομήσουν Ναό, χωρίς ὅμως νά ἔχουν τούς ἀπαραίτητους οἰκονομικούς πόρους γιά τήν ὑλοποίηση τοῦ ἱεροῦ αὐτοῦ σκοποῦ μέ ἀποτέλεσμα νά διενεργοῦν ἐράνους.

Τό 1845 ὁ Γεώργιος Γεννάδιος ἐγκαταστάθηκε σέ οἰκία στήν ὁδό Ἀκαδημίας καί ἀνέλαβε προσωπικά τήν προσπάθεια ἀνεγέρσεως τοῦ Ναοῦ δωρίζοντας τό γήπεδο πού χρειαζόταν.

Ὑποβλήθηκαν τότε στόν Ὄθωνα διάφορα ἀρχιτεκτονικά σχέδια ἀπό τά ὁποῖα ἐγκρίθηκε αὐτό τοῦ Ἠπειρώτου ἀρχιτέκτονα Δημητρίου Ζέζου. Ὁ Ναός ἄρχιζε νά κτίζεται τό 1846. Ἡ πρώτη ἐπιτροπή πού ἀνέλαβε τήν ἀνέγερση ἀποτελοῦνταν ἀπό τούς: Γ. Γεννάδιο (πρόεδρο), Κ. Σχινᾶ, Γ. Σκοῦφο, Κ. Καρατζᾶ καί Δεκόζη Βοῦρο (ταμία).

Τόν Ἀπρίλιο τοῦ 1846 ὁ πρόεδρος τῆς ἐφορείας ἀνέγερσης ἐξέδωσε ἔκκληση λιθογραφημένη πού εἶχε στό πάνω μέρος τήν εἰκόνα τῆς Ζωοδόχου Πηγῆς ἀπό τό ψηφιδωτό τῆς πρόσοψης τοῦ Ναοῦ καί στήν ὁποία μεταξύ ἄλλων ἀνέφερε: «Ἀποτείνεται πρός τά χριστιανικά τῶν ὁμογενῶν αἰσθήματα, κοινότης συγκειμένη καθ’ ὁλοκληρίαν σχεδόν ἐξ ἐνδεῶν παροίκων συγκεντρωθέντων βαθμηδόν ἐκ διαφόρων μερῶν τῆς γείτονος ἐπικρατείας εἰς τό βόρειον προάστιον τῶν Ἀθηνῶν καί συγκροτησάντων ἰδίαν συνοικίαν... Ἡ ἔνδεια τῆς ἐνορίας ταύτης, τά δυστυχήματα τῶν μελῶν αὐτῆς τά ὁποῖα ἐστερήθησαν ἐκ τῶν κοινῶν τοῦ ἔθνους ἡμῶν περιστάσεων τῆς ἰδιαιτέρας αὐτῶν πατρίδος, δικαιώνουσι τήν ἐλπίδα ὅτι οἱ ἁπανταχοῦ φιλογενεῖς καί φιλόχριστοι θέλουσι σπεύσει εἰς συμπλήρωσιν τοῦ πρός ἀνέγερσιν τοῦ Ναοῦ ἀναγκαίου ποσοῦ 30 χιλιάδων δρχ. καί τοῦ γηπέδου, μέρους τοῦ ὑλικοῦ ἐξασφαλισθέντος ἤδη διά ἐνοριακῶν προσφορῶν». Ἀπροσδόκητα αἴτια ἀνάγκασαν τήν ἐπιτροπή νά διακόψει τό ἔργο.

Μετά ἀπό 3 χρόνια μερικοί κάτοικοι προθυμοποιήθηκαν νά βοηθήσουν στήν ἐπίσπευση τῶν ἐργασιῶν, ἀλλά ὁ καθένας τους ἤθελε νά ἐπιβάλλει τήν ἄποψή του μέ ἀποτέλεσμα νά λαμβάνουν χώρα διαπληκτισμοί μεταξύ τους καί νά ἐμποδίζεται τό ἔργο τοῦ ἀρχιτέκτονα.

Τίς ἔριδες μεταξύ τῶν κατοίκων ἀναφέρει ὁ Γ. Γεννάδιος στήν ἔκθεσή του πρός τή Νομαρχία, λέγοντας μεταξύ ἄλλων: «...ἀναδεχθέντες εὐχαρίστως τό βάρος τῆς οἰκοδομήσεως πρῶτον καί κύριον μέρος χρέος ἡμῶν ἐκρίναμεν νά συμβιβάσωμεν τούς περί τῆς οἰκοδομῆς τοῦ Ναοῦ ἀντιχριστιανικώτατα φερομένους κατοίκους τοῦ προαστίου τούτου».

Τήν 27η Ἰουλίου 1850 ὁ Δήμαρχος Σ. Βενιζέλος διόρισε ἐπιτροπή ἀποτελουμένη ἀπό τούς Γ. Γεννάδιο, Γ. Καρατζᾶ, Γ. Μαυροκορδάτο, Ἰ. Δραγούμη, Κ. Σκυλίτζη καί Ἀ. Κωστόπουλο ἡ ὁποία ζήτησε πέρα ἀπό τίς ἑκούσιες εἰσφορές τήν κατά μήνα συνδρομή 170 δραχμῶν ἀπό τούς κατοίκους τῆς περιοχῆς πρός ἐπίσπευση τοῦ ἔργου. Ὁ Ναός ἀποπερατώθηκε τό Μάρτιο τοῦ 1852 μέ νέες δωρεές, μεταξύ ἄλλων καί τῆς Ἑλένης Τοσίτσα.

Ὁ Δήμαρχος μέ τό ὑπ’ ἀριθμ. 1436/22 Μαρτίου 1852 ἔγγραφο πρός τήν ἐπιτροπή ἀνεγέρσεως ἀναφέρει: «Ἀπαντῶντες εἰς τήν ἀπό 18 Μαρτίου ἑ.ἔ. ἀναφοράν ὑμῶν δι’ ἧς εἰδοποιεῖτε ἡμᾶς ὅτι ἡ οἰκοδομή τοῦ Ἱεροῦ Ναοῦ τῆς Ζωοδόχου Πηγῆς ἐπερατώθη καί ἐκτιμῶντες τούς μεγάλους ἀγῶνας καί κόπους τούς ὁποίους κατεβάλετε εἰς τήν ἐκτέλεσιν τοῦ ἱεροῦ τούτου ἔργου ἄνευ οὐδενός χρηματικοῦ ποσοῦ, ἐκφράζομεν πρός ὑμᾶς πλήρη τήν εὐγνωμοσύνην καί εὐαρέσκεια ἡμῶν. Ἐπιθυμοῦντες δέ ὥστε ἡ διοίκησις τοῦ Ἱεροῦ τούτου Ναοῦ νά ἐνεργῆται καί τοῦ λοιποῦ καλῶς καί ὑπό προσώπων παρεχόντων ὅλα τά ἐχέγγυα Σᾶς διορίζομεν ἐπιτρόπους τοῦ εἰρημένου Ναοῦ τῆς Ζωοδόχου Πηγῆς καί σᾶς παρακαλοῦμεν νά δεχθῆτε τό βάρος τῆς διοικήσεως αὐτοῦ, ὅπερ, ἄν καί πολύμοχθον, δέν ἀμφιβάλλομεν ὅτι θέλετε δεχθῇ εὐχαρίστως, ἔχοντες ὑπ’ ὄψιν τόν εὐσεβῆ ζῆλον τόν ὁποῖον πρός τήν ἀνέγερσιν αὐτοῦ τοῦ Ναοῦ κατεβάλετε καί τό μέγα ἐθνικόν συμφέρον τό ὁποῖον εἰς τήν διατήρησιν αὐτοῦ ἔχετε...».

Ὁ Ἐπίσκοπος Θαυμακοῦ Χρυσόστομος μαρτυρεῖ ὅτι ἐγκαίνια βρέθηκαν κάτω ἀπό τή μαρμάρινη πλάκα τῆς Ἁγίας Τραπέζης τοῦ νοτίου κλίτους πού τιμᾶται ἐπ’ ὀνόματι τοῦ Ἁγίου Χαραλάμπους καί ὅτι κάτω ἀπό τό δάπεδο τῆς Ἁγίας Τραπέζης βρέθηκε μαρμάρινη πλάκα μέ τήν ἐπιγραφή «Τοσίτσα».

Τήν 30ή Μαΐου 1858 τό Ὑπουργεῖο Ἐκκλησιαστικῶν καί Δημοσίας Ἐκπαιδεύσεως ἔχοντας ὑπ’ ὄψιν τό ΙΑ ́ ἄρθρο τοῦ Σ ́ Νόμου, τό Β.Δ. τῆς 8ης/6/1856, τήν ἀπό 27/3/1857 ἔκθεση τοῦ Μητροπολίτου ἈΘηνῶν καί τό ὑπ’ ἀριθμ. 7600/17-7-1857 Συνοδικό ἔγγραφο, ἀποφάσισε ὅτι ὁ ἀριθμός τῶν Ἐνοριῶν τῆς Ἐπισκοπῆς Ἀθηνῶν προσδιορίζεται σέ 76, στή δέ πόλη τῶν Ἀθηνῶν (Δῆμος Ἀθηναίων) ὑπάρχουν 20 Ἐνορίες, μεταξύ ἄλλων καί ὁ Ναός τῆς Ζωοδόχου Πηγῆς.

Ὁ Ναός τῆς Ζωοδόχου Πηγῆς ἔχει χαρακτηρισθεῖ ἀπό τό Ὑπουργεῖο Πολιτισμοῦ ὡς ἱστορικό καί καλλιτεχνικό οἰκοδόμημα μέ τό Φ.Ε.Κ. 1112/21-1972, τεῦχος Β, μέ βάση τά ἄρθρα 1 καί 5 τοῦ Νόμου 1469/1950 «περί προστασίας εἰδικῆς κατηγορίας οἰκοδομημάτων καί ἔργων τέχνης μεταγενεστέρων τοῦ 1830».